class: center, middle, inverse, title-slide .title[ # 科研用开源数据分析平台的搭建与部署 ] .subtitle[ ## 以xcmsrocker为例 ] .author[ ### 于淼 ] .date[ ### 2022-11-20 ] --- ## 报告目录 ### 科学研究的趋势 ### 科研数据分析的需求 ### 科研开源数据分析平台 ### 展示与小结 --- ## 科学研究的趋势 ### 高成本 ### 云实验室 ### 开放数据 --- ## 科学研究的趋势 - 高成本 <img src="images/NIH_Data_Book_Report_155.png" width="600px" style="display: block; margin: auto;" /> --- ## 科学研究的趋势 - 高成本 <div class="figure" style="text-align: center"> <img src="images/salary2021.png" alt="中国统计年鉴（2021）" width="350px" /> <p class="caption">中国统计年鉴（2021）</p> </div> --- ## 科学研究的趋势 - 云实验室 <img src="images/cloudwetlab.png" width="800px" style="display: block; margin: auto;" /> --- ## 科学研究的趋势 - 开放数据 <div class="figure" style="text-align: center"> <img src="images/Figure-1-Number-of-Data-Repository-DOIs.jpg" alt="Growth in Figshare, Dryad, Dataverse, Mendeley Data, Open Science Framework and Vivli DOIs in the published literature (2011-2021) (From Dimensions.ai)" width="800px" /> <p class="caption">Growth in Figshare, Dryad, Dataverse, Mendeley Data, Open Science Framework and Vivli DOIs in the published literature (2011-2021) (From Dimensions.ai)</p> </div> --- ## 科学研究的趋势 - 可重复性 <img src="rconf_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- ## 科研数据分析的需求 .pull-left[ - 科学问题导向 -- 不关心软件工程 - 统计功能全 -- 应对审稿人补充分析 - 可复用 -- 技能有传承 - 开放 -- 开源且最好免费 - 出图漂亮 -- 自定义要求高 ] .pull-right[ <div class="figure" style="text-align: center"> <img src="https://yufree.github.io/presentation/figure/owl.png" alt="Paper method v.s. Practical method in Metabolomics" width="100%" /> <p class="caption">Paper method v.s. Practical method in Metabolomics</p> </div> ] --- ## 科研开源数据分析平台 - 容器化技术 <img src="images/virtualization-vs-containers_transparent.png" width="800px" style="display: block; margin: auto;" /> <https://www.redhat.com/en/topics/containers/containers-vs-vms> --- ## 科研开源数据分析平台 - xcmsrocker - 安装了 RStudio 的容器 （[rocker](https://rocker-project.org/) 项目） - 预装了常见代谢组学软件 - 可通过API下载分析开源数据（MetaboLights/Metabolomics Workbench） - 提供了工作流模版 - 可跨平台运行、可适配云计算平台或高性能计算集群 --- ## 科研开源数据分析平台 xcmsrocker - 预装软件（部分） .pull-left[ 特征峰提取 - xcms - x13cms 峰提取优化 - IPO - Autotuner 峰标注 - CAMERA - RAMClustR - xMSannotator - ClassyfireR ] .pull-right[ 峰鉴定 - MetaboAnnotation - MegFragr 多组学 - MetabNet - xMWAS 化学信息学 - webchem - ChemmineR 统计分析 - caret - h2o ] --- ## 科研开源数据分析平台 xcmsrocker - 内置模版 <img src="images/rmwf.png" width="500px" style="display: block; margin: auto;" /> --- ## 科研开源数据分析平台 xcmsrocker - 安装 <img src="https://yufree.github.io/presentation/figure/pmdda.gif" width="800px" style="display: block; margin: auto;" /> --- ## 科研开源数据分析平台 xcmsrocker - [Shiny](https://shiny-xcms-uds7muwila-uc.a.run.app/pmd/) <img src="images/shinyxcms.png" width="800px" style="display: block; margin: auto;" /> - [配置方法](https://github.com/yufree/xcmsrocker/tree/master/shiny_xcms) --- ## 科研开源数据分析平台 xcmsrocker - 平台化展望 <img src="images/xcmsdiagram.png" width="800px" style="display: block; margin: auto;" /> --- ## 小结 ### 科研可重复性的未来在于数据分析 ### 科研数据分析需要模块化流程化 ### 发表文章的同时请分享数据与数据处理脚本 --- class: center, middle # 谢谢！ ## yufree@live.cn ## http://yufree.github.io/presentation/xcmsrocker/rconf.html